治理体系和治理能力现代化是建设中国特色、世界一流大学的重要保障。学校第十三次党代会提出“全面提升治理能力”的鲜明主题，对健全与“双一流”相适应的治理体系提出明确部署。学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，紧密围绕落实立德树人根本任务，深入推进依法治校，不断改革完善内部治理结构、管理体制和运行机制，加快建设具有中国特色的现代大学制度，持续提升学校内部治理能力，为推进“双一流”建设提供坚实保障。
建章立制，不断完善现代大学制度
健全以章程为统领的现代大学制度体系。学校于2019年4月成立了章程修订工作领导小组和工作组，启动章程修订工作。修订后的章程充分体现了“加强党对教育工作的全面领导、坚持社会主义办学方向、坚持和完善党委领导下的校长负责制、落实立德树人根本任务、弘扬社会主义核心价值观、加强理想信念和爱国主义教育”等要求。2022年3月《河海大学章程修正案》获教育部核准，这是《中华人民共和国高等教育法》（2018修正）颁布后，第一个被教育部核准的高校章程。
在章程的统领下，学校持续完善纲领性制度体系，制订完善全委会议事规则，修订“三重一大”决策制度实施办法，规范执行党委常委会、校务会议事规则，指导各二级单位完善党委会、党政联席会议议事规则等制度机制。常态化开展制度“废改立释”工作，不断完善校内规章制度的立项、起草、审查、议定、公布等程序，组织梳理滞后于形势、与实践脱节的制度文件，公布废止规范性文件105个，建立规范性文件管理台账，逐步构建起了规范统一、层次清晰、运行高效的学校内部规章制度体系。持续健全决策运行机制，坚持民主集中制，落实“三重一大”决策机制，规范校级会议组织和管理，注重调查研究与咨询论证，决定重大事项坚持开门问策、集思广益。推进议事协调机构优化调整，规范学校各专门委员会、工作领导小组的设置，加强决策事项的会前研究以及会后落实督办，切实将集体领导和个人分工负责的工作机制有效落到实处，提高议事决策效率与执行效率。
健全以学术委员会为核心的学术治理架构。学校发布实施《河海大学学术委员会章程（修订）》，进一步规范了学术委员会的地位和作用。落实学术委员会全委会制度，完善学术分委员会组织建设，制定出台《河海大学学术委员会年度报告管理办法》，组织学术委员会、专门委员会和学术分委员会编制年度报告，及时回顾总结学术治理工作开展情况并做好信息公开，以学术委员会为核心的学术治理体系进一步健全。
健全师生广泛参与的民主管理体制机制。近年来，学校积极推进校院两级教代会、工会建设，不断健全民主管理体制机制。推进提案办理工作，建成提案信息管理系统，实现提案网上提交、网上审查、网上交办，增强了提案工作的透明度和便捷性。建立领导干部常态化结对联系师生制度，校院两级领导班子成员经常性进课堂、进班级、进宿舍、进食堂、进社团、进讲座、进网络，定期与所联系的党支部、学生班级（组织、社团、宿舍）、青年人才、思政课教师、党外代表人士“零距离 ”对话、“心贴心”交流、“全方位”服务，在一线听取意见、发现问题、落实工作，营造了干事创业的良好氛围。2021年4月，成立首届校长学生事务助理团，建立校领导、职能部门与学生面对面交流机制。以校长学生事务助理团为代表的学生组织架设起学校与学生之间深度交流沟通的桥梁，切实发挥了广大学生有效参与学校治理的主人翁作用。
谋篇布局，调整优化内部组织架构
为构建与“双一流”建设相适应的内部组织架构，学校聚焦内涵式高质量发展，作出了“全面推进一体化，实现三校区协调发展”的战略部署，以“优化、协同、高效”为目标，开展“三定”工作和新一轮机构改革，优化办学资源配置，提升学校整体办学水平。
谋划三校区协调长远发展。2019年，学校开展常州校区管理组织架构和管理模式调整，通过整合优化资源配置、建立精简高效的一体化组织管理体系，实现了师资力量、制度体系、归口管理的“三个统一”。2023年，围绕常州新校区启用，优化完善常州校区管理体制，强化常州校区党工委、管委会协调、服务和督查督办的职能定位，进一步强化各部门的职能延伸和条线管理，为学校纵深推进“双一流”建设，推动一校两地三校区一体化高质量发展提供了坚强保障。
全面系统开展“三定”工作。按照“精简、统一、高效”的原则，先后两次开展定职能、定机构、定编制的“三定”工作，明确总体定位，明晰权责边界，加强流程再造，确保每个机构具有完整和稳定的职能。2020年，印发非教学机构“三定”方案，为规范各部门履职行为提供了基本依据。2023年，开展学科学院布局优化调整和新一轮机构改革工作，系统谋划学校事业发展组织建设和职能体系建设，发布《河海大学机构调整方案》，优化机构设置及职能配置。按照“职责明晰、精简规范、强化统筹、分类设置”的原则，优化设置内设科室，强化以事定编、总量控制、优化高效，严把总量关口，突出重点工作，对岗位进行了优化精减，进一步提高编制资源配置效益，提升管理服务效能。
多措并举，扎实推进依法治校工作
学校深入学习贯彻习近平法治思想，以2018年获评“江苏省依法治校改革示点校”为契机，转变法治工作聚焦于诉讼、合同审查等具体事务的“小法务”理念，逐步形成覆盖学校全方位发展的“大法治”工作格局，有力推动了学校事业高质量发展。2024年，学校获评首批江苏省依法治校示范校，并被江苏省教育厅推荐申报全国依法治校示范校。
健全依法治校体制机制。2020年以来，学校适时调整依法治校领导机构，成立党委书记和校长担任组长的河海大学全面依法治校领导小组，负责法治工作顶层设计，定期对依法治校相关重要工作进行专题研究部署。研究制定《河海大学关于全面加强法治工作的实施方案》，设立总法律顾问、调整法律事务办公室建制、加强法治工作队伍建设、完善法律顾问制度、建立二级单位法治工作联络员机制，形成综合管理、分级负责的法治工作管理体制。
加强内部法律风险防控。2018年底，学校出台《河海大学合同管理办法（试行）》，完善合同集中管理制度，开发合同管理信息系统，建立了合同集中信息化管理模式，合同管理成为学校内控建设和依法治理的特色亮点，受到上级主管部门高度肯定和兄弟高校广泛借鉴。严控重点领域法律风险，切实维护学校合法权益。2021年1月，出台《河海大学法律事务办理规程（试行）》，严格规范法律咨询、涉诉涉裁案件处理、法人授权委托等日常法律事务工作处理程序，坚持“归口管理、分工负责”的工作机制，建立健全各项法律事务管理制度，完善工作流程和权责体系。形成事前预防、事中控制、事后救济的法律事务管理方式，健全风险控制和纠纷处理机制，发挥法律事务工作在学校决策、管理过程中的参谋助手作用。
强化法治宣传教育。制定《河海大学开展法治宣传教育的第八个五年规划（2021-2025）》，深入推进领导干部学法用法，将习近平法治思想、宪法等纳入中层领导干部的培训课程。面向全校师生开设法律通识课程，把学习宣传宪法、教育法、民法典和学校章程纳入教职工入职培训和新生入学教育内容，切实提升师生法律素养。深入开展“学宪法、讲宪法”系列活动，通过连续多年开展宪法演讲比赛、宪法日晨读活动、宪法征文比赛以及宪法摄影比赛等活动，在全校营造出学法、懂法、守法、用法的浓厚氛围。建强河海大学法律援助中心，面向师生提供法律咨询、代写法律文书、案例分析、代理诉讼等法援服务，面向社会普法，通过普法实践，切实推动法治宣传教育入脑入心。获评江苏省首批“法援惠民生”服务品牌。
规范治理，数字赋能智慧校园建设
学校遵循高等教育数字化发展的规律和趋势，统筹谋划校园数字化转型战略布局，科学编制“十四五”网络安全与信息化规划，加快智慧校园建设，深入应用人工智能、5G、大数据等新技术，以数字化助推教育服务精准优质多元，赋能学校内部治理水平持续提升。
持续增强数据互联共享服务。建设公共数据平台，接入15个部门信息系统数据，实现25个业务系统的数据对接与采集、37个业务系统的数据推送与共享，可交换共享数据量达1.8亿余条。建设校园大数据平台，实现不同主题数据分析与可视化应用展示，上线师生画像、毕业大数据报告、十四五事业发展指标分析、校园IOC可视化中心数据试点等应用场景，融合服务效果良好。建设业绩考核与评价平台，以数据应用、业绩考核、综合评价为基准支撑部门考核和教职工考核，有效助推学校综合改革。
深入实施公共服务平台建设。升级信息门户和统一身份认证平台，发布认证标准和集成规范，优化网上办事服务，提升校园各应用系统的互联互通访问、一站式访问体验，推动系统协同和数据共享。信息门户WEB端累计发布应用服务158个，年度应用访问达380万余人次。基于企业微信的移动端微门户（e河海）累计发布应用服务128个，年度访问量达2.3万余人次。基于统一身份认证平台实现83个业务系统互联接入信息门户，年度认证访问达560余万人次。基于以流程化服务为核心的“一站式”网上办事大厅，涵盖教学、科研、财务等11类54个网上服务流程，累计服务达20万余次，努力“让数据多跑路，让师生少跑腿”，不断提升师生的获得感。
近年来，学校获得江苏省首批智慧校园示范校、智慧江苏重点工程项目、工信部和教育部“5G+智慧教育”应用试点等荣誉。连续多年获评“江苏省高校教育信息化先进集体”等。
攻坚克难，持续深化教育评价改革
学校积极落实《深化新时代教育评价改革总体方案》，聚焦关键环节，多方协同联动，探索河海特色、科学合理的教育评价体系，教育部网站先后进行了报道。
健全学科评价体系。建立健全科学合理、多元综合的学科评价考核体系，坚持目标导向、需求导向和贡献导向，重点引导学科在培养一流人才、产出一流成果、主动服务国家重大发展战略等方面做出贡献。充分发挥常州新校区高质量发展引擎作用，优化学院学科布局，加强学科动态调整，精准推动学科交叉、产学研融合和学科群建设，形成契合地方产业结构、行业和区域高质量发展重大需求的学科专业体系。强化优势特色，推动重大科研平台建设，锚定国家“江河战略”和水安全亟需，强化大科学交叉和多尺度融合，全力打造全球水科教中心和服务新兴产业的创新中心。改革科研评价机制。坚决落实“破五唯”，聚焦科研评价与“放管服”改革，着力构建全面支持创新的制度体系，覆盖科研经费、创新平台、科研团队、国防科研、组织服务等核心要素，建立“包干制”项目管理体系，构建“赛马制”“揭榜挂帅”等组织模式，深化科研平台内涵建设，协同重构科研绩效体系，引导承担大项目、组建大团队，激发内生动力，服务支撑国家水安全的核心作用进一步凸显。深化教师评价改革。完善人才工作领导机制，发挥各级党组织凝聚人才、服务人才的重要作用，推动基层党建和教学科研工作双促进双提高。健全“党建引领、思想铸魂、价值导向、师德为先”的四位一体教师思想政治工作体系，推进教师分类考核评价制度改革，突出重实绩、重贡献导向，建立与岗位职责要求相统一的收入分配激励机制，着力建设一支道德修养好、业务素质硬、专业水平高的高素质人才队伍。深化学生评价改革。严格学业质量评价标准，强化过程性考核与结果性考核有机结合。不断优化德智体美劳过程性评价办法，推进分类评价、分类培养，构建五育并举的人才培养体系。以学生发展为中心，开展学生教育管理标准体系设计，面向学生、辅导员、工作人员制定工作规范，努力实现教育标准有效供给。